Hastanemizin kuruluşu Bakanlar Kurulu'nun 2001/3216 sayılı kararı ile 24.10.2001 tarihinde kararlaştırılmıştır. Hastanemiz yönetmeliği ise, 11 Aralık 2002 tarih ve 24960 sayılı resmi gazetede yayınlanarak yürürlüğe girmiştir.

Hastanemiz inşaatına dönem devlet başkanı tarafından 1984 yılında temeli atılmak suretiyle başlanmıştır. Başlangıçta ihaleyi alan firma, 10 yıllık dönemde (1994 yılına kadar) inşaatın yüzde 17 civarında bir kısmını gerçekleştirilmiştir ve bu firmanın işi bırakmasıyla ikmal inşaatı ikinci bir firmaya verilmiş ve bu firmada 2009 yılına kadar kalan yüzde 83'lük kısmını gerçekleştirmiştir.

Hastanemize 6 Eylül 2002 tarihinde Prof. Dr. M.İ. Safa KAPICIOĞLU YÖK Genel Kurul Kararıyla kurucu Dekan olarak atanmıştır. Ocak 2004 Tarihinden Prof. Dr. M. İ. Safa KAPICIOĞLU'nun istifasıyla boşalan Dekan kadrosuna Prof. Dr. M. Kemal GÜNDÜZ getirilmiş, Yardımcısı ise, Doç. Dr. A. Kağan KARABULUT olmuştur. Doç Dr. A. Kağan KARABULUT, daha sonra kurucu başhekim olarak görevlendirilmiştir. Mayıs 2008 tarihinde Dekanlık, Başhekimlik ve Başmüdürlük birimlerinin geçici olarak iskan edildiği bugünkü Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokuluna Binasından işlerin daha rahat takibi düşüncesiyle inşaatı devam etmekte olan Hastane Binası İdari kısmına taşınılmıştır.

Prof. Dr. Mustafa ŞAHİN 01 Aralık 2008 tarihinde Başhekim olarak atandı ve başhekim yardımcılıklarına Prof.Dr. Güven Sadi SUNAM, Prof.Dr.Zekeriya TOSUN, Doç.Dr. Fatih KARA (yerine Prof.Dr. Şeref Nur ÖZTÜRK) ve Doç.Dr. Bahadır ÖZTÜRK (yerine Doç.Dr. Hüsamettin VATANSEV) getirildikten sonra hastane inşaatı hızla tamamlanmıştır. 3 Mart 2009 tarihinde Meram Tıp Fakültesi adına hasta kabul edilmeye başlanılmıştır. 02 Ağustos 2009 tarihinde Prof. Dr. Mustafa ŞAHİN SGK ile protokol imzalamış ve Selçuk Üniversitesi Selçuklu Tıp Fakültesi Hastanesi kurumsal kimliğine kavuşmuştur.

Hastanemizde Ağustos 2009'da 6 adet ameliyathane salonu hizmete açılmış ve 2 hasta katında hasta kabulüne başlanmıştır. 27 Ağustos 2009 tarihinde ilk ameliyatın yapıldığı hastanemizin resmi açılışı 17 Aralık 2010 tarihinde dönemin Başbakanı Sayın Recep Tayyip ERDOĞAN, bakanlar ve milletvekillerimizin katılımıyla gerçekleştirilmiştir. 25 yıllık rüyanın hasta kabulüne başlamasıyla gerçekleştiği hastanemiz, 130.000 metrekarelik kapalı, 160.000 metrekarelik açık alan ve 22 adet ameliyathane salonu olmak üzere 963 yatak kapasitesine sahiptir.

Cumhurbaşkanımız Sayın Recep Tayyip ERDOĞAN'ın Aralık 2015 tarihinde Prof. Dr. Mustafa ŞAHİN'İ Selçuk Üniversitesi Rektörü olarak atamasının ardından Rektör Yardımcılığına, Prof.Dr. Ahmet Kağan KARABULUT , Prof. Dr. Abdullah TOPCUOĞLU, Prof. Dr. Hüseyin KARA ve Prof. Dr. Mehmet OKKA getirilmiştir. Ocak 2016 tarihinde Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Başhekimliğine aynı fakültenin Öğretim Üyesi Prof. Dr. Hüseyin YILMAZ getirilirken, Yardımcıları ise, Prof. Dr. Mustafa KOPLAY, Prof. Dr. Hüsamettin VATANSEV, Prof. Dr. İnci KARA ve Prof. Dr. İlhan ÇİFTÇİ olmuştur.

Cumhurbaşkanımız Sayın Recep Tayyip ERDOĞAN'nın Temmuz 2020 tarihinde Prof. Dr. Metin AKSOY'u Selçuk Üniversitesi Rektörü olarak atamasının ardından Rektör Yardımcılığına, Prof. Dr. Ahmet Tuğrul POLAT, Prof. Dr. Emrullah EKEN ve Prof. Dr. İlhan ÇİFTCİ getirilmiştir. Eylül 2020 tarihinde Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Başhekimliğine aynı fakültenin Öğretim Üyesi Prof. Dr. Mustafa KOPLAY getirilirken, Yardımcıları ise, Prof. Dr. Hüsamettin VATANSEV, Doç. Dr. Metin GÜNDÜZ, Doç. Dr. Burcu YORMAZ, Doç. Dr. Mehmet SARGIN, Doç. Dr. Ahmet YILDIRIM olmuştur. Doç. Dr. Ahmet YILDIRIM'ın Mart 2022 tarihinden ve Doç. Dr. Mehmet SARGIN'ın Kasım 2022 tarihinden itibaren görevlerinden ayrılması sonrası Doç. Dr. Murat KONAK ve Dr. Öğr. Üyesi Atilla ORHAN yerlerine göreve gelmişlerdir. Prof. Dr. Hüsamettin VATANSEV ve Doç. Dr. Metin GÜNDÜZ'ün Eylül 2023 tarihinden itibaren görevlerinden ayrılması sonrası Doç. Dr. Murat GÜL ve Doç. Dr. Salih MAÇİN yerlerine göreve gelmişlerdir.

Cumhurbaşkanımız Sayın Recep Tayyip ERDOĞAN'ın Temmuz 2024 tarihinde Prof. Dr. Hüseyin YILMAZ'ı Selçuk Üniversitesi Rektörü olarak atamasının ardından Rektör Yardımcılığına, Prof. Dr. Ahmet AK, Prof. Dr. Zeki BAYRAMOĞLU ve Prof. Dr. Haldun SOYSAL getirilmiştir. Temmuz 2024 tarihinde Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Başhekimliğine aynı fakültenin Öğretim Üyesi Prof. Dr. İlhan ECE getirilirken, Yardımcıları ise, Prof. Dr. Bahar ÖÇ, Doç. Dr. Alaaddin YORULMAZ, Doç. Dr. Salih MAÇİN ve Dr. Öğr. Üyesi Emre ALTINTAŞ olmuştur.